Năm 1087, hoàng đệ của Anna là Ioannes được sinh ra. Vài năm sau khi chào đời, năm 1092, Ioannes được chỉ định làm hoàng đế.[15] Theo sử gia Niketas Choniates, Hoàng đế Alexios đã tỏ ra "thiên vị" Ioannes và tuyên bố phong ông làm hoàng đế trong khi Hoàng hậu Eirene "đem toàn bộ ảnh hưởng của bà về phía [Anna]" và "liên tục cố gắng" thuyết phục hoàng đế chỉ định Nikephoros Bryennios, chồng của Anna, thế vào chỗ Ioannes.[16] Khoảng năm 1112, Alexios bị bệnh thấp khớp và không thể cử động được nữa. Do đó ông đã chuyển giao chính quyền dân sự sang cho vợ mình là Eirene; bà lần lượt giao phó quyền hành lại cho con rể Bryennios.[17] Choniates nói rằng, khi Hoàng đế Alexios mất trong phòng ngủ của mình, Ioannes vội chạy đến nơi và "lén" lấy lấy chiếc nhẫn của phụ hoàng đeo vào tay mình "như thể đang trong tang lễ."[18] Anna cũng hoạt động hết mình nhờ sự ủng hộ từ chồng bà trong giây phút lâm chung của Alexios.[1] Năm 1118, Alexios I Komnenos băng hà.[19] Một giáo sĩ đã tôn Ioannes lên ngôi hoàng đế tại Hagia Sophia.[20]

Theo Smythe cho biết thì Anna "cảm thấy bị lừa dối" bởi vì bà mới "đáng được thừa kế."[21] Thật vậy, theo ghi chép của Anna Komnene trong Alexiad, lúc sinh ra bà đã hiện diện với "một cái vương miện và vương vị của đế quốc."[22] "Mục đích chính" của Anna trong việc miêu tả các sự kiện trong Alexiad, theo lời Stankovich, là để "nhấn mạnh đến quyền lợi chính đáng của riêng mình" cho việc lên ngôi và phải được "ưu tiên hơn người em trai Ioannes."[23]

Theo quan điểm của niềm tin này, Jarratt ghi lại rằng Anna "gần như chắc chắn" tham gia vào mưu đồ sát hại Ioannes ngay tại đám tang của Alexios.[24] Thật vậy, Anna, theo Hill, đã cố gắng chiêu binh mãi mã hòng đánh đổ Ioannes.[20] Theo Choniates, Anna "bị kích động bởi tham vọng và hận thù" nhằm lên kế hoạch cho vụ mưu sát này.[24] Smythe tuyên bố rằng âm mưu này "chẳng có gì xảy ra."[15] Jarratt, ghi lại rằng, một thời gian ngắn sau đó, Anna và Bryennios đã "tổ chức một âm mưu khác."[24] Tuy nhiên, theo Hill, Bryennios kiên quyết từ chối lật đổ Ioannes, khiến Anna không thể tiếp tục kế hoạch của mình được nữa.[20] Vì sự từ chối này, Anna, theo Choniates, đã phải than rằng "tự nhiên đã nhầm lẫn giới tính của chúng ta, bởi vì ông ấy lẽ ra phải là phụ nữ."[1] Theo Jarratt, Anna thể hiện "một sự lặp đi lặp lại cơn giận dữ đầy vẻ khêu gợi."[24] Thật vậy, Smythe khẳng định rằng các mục tiêu của Anna đã "bị người đàn ông của đời mình cản trở."[25] Tuy vậy, mẫu hậu Eirene, theo Hill, cũng từ chối tham gia vào kế hoạch nổi dậy chống lại một vị hoàng đế "đã được quần thần tôn lên ngôi".[20] Thế nhưng theo lời Hill chỉ ra rằng những nguồn sử liệu bên trên của Choniates, vốn được viết ra sau năm 1204, và do vậy đã có sự "khác biệt khá xa" khỏi các sự kiện "thực tế" và rằng "cuốn nhật ký" của ông nhằm "tìm kiếm nguyên nhân" từ vụ kinh thành Constantinopolis thất thủ vào năm 1204.[20]

Âm mưu này sớm bị bại lộ và triều đình ra lệnh tước hết tài sản của Anna.[1] Sau cái chết của chồng, bà bước chân vào tu viện Kecharitomene do mẫu hậu sáng lập từ trước. Bà vẫn còn ở đó cho đến lúc qua đời.[26]